Tidak ada pengawasan klinis khusus yang diperlukan pada penggunaan neomycin topikal. Mayoritas penggunaan sediaan ini bersifat aman dan jarang menimbulkan efek samping berat. Pada beberapa kasus, neomycin topikal dapat menyebabkan reaksi lokal pada tempat dioleskan obat.

Pada penggunaan sistemik dosis tinggi, pemantauan reaksi alergi dan fungsi ginjal berkala diperlukan. Pemeriksaan fungsi ginjal utamanya diperlukan pada pasien lansia, penggunaan dosis tinggi, ataupun durasi terapi yang lama. Meski demikian, sediaan sistemik dosis tinggi sudah tidak ada di Indonesia.

Pemantauan risiko toksisitas diperlukan utamanya pada pasien dengan disfungsi ginjal, penggunaan dosis tinggi, atau durasi terapi lebih panjang dari rekomendasi. Toksisitas yang terjadi dapat berupa gangguan pendengaran hingga tuli, nefrotoksisitas, dan neurotoksisitas. Penggunaan sistemik juga telah dikaitkan dengan depresi napas.[1,2,13]